Janusz Filipak jest w Cracovii od ponad 20 lat. Biznesmen przez lata sukcesywnie powiększał pakiet udziałów - obecnie, poprzez spółkę Comarch S.A., ma niewiele ponad 66 proc. udziałów, natomiast reszta należy do miasta. Od dłuższego czasu obie strony nie mogą się porozumieć w kwestii sprzedaży reszty udziałów. Miasto Kraków wycenia je na około 27 mln złotych. - Jak wyrażaliśmy zainteresowanie kupnem akcji, mieliśmy promesę od pana prezydenta i urzędów, że te inwestycje załatwią, a teraz jednym pismem się z tego wycofali - mówił Filipiak w lipcu tego roku "Gazecie Krakowskiej".
Portal biznes.lovekrakow.pl przekazał, że zarząd Comarchu złożył miastu kolejną propozycję odkupienia pozostałej części udziałów w Cracovii. Opiewała ona na 21,2 mln złotych, co potwierdził krakowski Biuletyn Informacji Publicznej. Z komunikatu wynika, że wartość akcji jest obecnie oszacowana na 19,7 mln złotych, a więc oferta Comarchu jest o 1,5 mln złotych wyższa. Na razie nie są znane większe szczegóły, czy ta oferta wystarczy do wykupienia zaległego pakietu udziałów w klubie przez Comarch.
TVP Sport przekazywało w lipcu br. o pojawiających się głosach nt. celowego obniżania wartości klubu przez Filipiaka po to, by wymusić zmniejszenie wymagań miasta. - Nam, jako radnym, sugerowano, że Filipiak może liczyć na to, iż zadłużając klub wpłynie na obniżenie kolejnych wycen. Mógłby przystąpić wtedy do przetargu przy okazji trzeciego-czwartego ogłoszenia i pozyskać akcje po niższej cenie. Wierzę, że druga strona zachowa uczciwą postawę i nie będzie podejmować prób wpływania na cenę spółki - mówił Michał Drewnicki, przewodniczący rady miasta.
30 września w mediach pojawiła się informacja o tym, że Filipiak miał zawał serca. Polsat Sport przekazał, że szanse na jego powrót do zdrowia są nikłe, więc dalsze zarządzanie Cracovią i Comarchem nie będzie możliwe. Od 6 listopada prezesem klubu jest Elżbieta Filipiak, żona biznesmena, ale będzie sprawować tę funkcję przynajmniej do 6 lutego. Klub w tym czasie będzie szukał nowego prezesa, a pionem sportowym będzie zarządzać Stefan Majewski, obecny wiceprezes zarządu.
Cracovia nie notuje też najlepszych wyników w tym sezonie. Zespół prowadzony przez Jacka Zielińskiego ma 15 punktów po 14 meczach, co daje mu zaledwie dwupunktową przewagę nad strefą spadkową. Cracovia nie wygrała pięciu ostatnich ligowych meczów, notując dwa remisy i trzy porażki.