Dla Słowaka to powrót do Polski po trzech latach. W sezonie 2012/2013 występował w Pogoni. Jego przenosiny do Szczecina nazwano transferowym hitem i to mocno niespodziewanym. Do klubu, który dopiero co wrócił do ekstraklasy, dołączył bramkarz szkockiego Dundee United. Miał oferty z angielskiej Premier League (Leicester City) oraz był uczestnikiem mistrzostw świata w 2010 roku.
- Uważam, że to największy transfer, jaki udało nam się dokonać przez ostatnich pięć lat - mówił ówczesny dyrektor sportowy Pogoni Grzegorz Smolny.
Na papierze faktycznie tak to wyglądało, ale rzeczywistość okazała się rozczarowująca. Słowak w Pogoni rozegrał tylko 12 spotkań i przegrał rywalizację o miejsce między słupkami z Radosławem Janukiewiczem, który okazał się bardziej zdeterminowany. Ulubieniec kibiców odzyskał miejsce w składzie w rundzie wiosennej i lepiej znosił trudy ostrej rywalizacji.
- Jest sportowa, ale razem na kawę po treningu nie chodzimy - mówił wtedy.
Pernis nie zaadaptował się w Szczecinie. Był zamknięty w sobie, rzadko integrował się drużyną. Taki styl bycia miał już w Szkocji. Tamtejsi piłkarze opowiadali, że w czasie wyjazdów na zgrupowania, w ogóle się nie odzywał.
Po sezonie klub nie przedłużył z nim kontraktu. Wrócił do ojczyzny. Choć nad Wisłą słuch o nim zaginął, to radził sobie całkiem nieźle. Zdobył wraz ze Slovanem Bratysława mistrzostwo i superpuchar Słowacji.
Teraz ma być sprawdzany przez Ruch Chorzów. Spotka tam trójkę byłych piłkarzy Pogoni: Miłosza Przybeckiego, Michała Walskiego oraz Michała Koja. 31-latek może kojarzyć tylko tego ostatniego, który do Szczecina przyjechał jeszcze za jego "kadencji".
