Później jednak kontuzje (m.in. złamany obojczyk na olimpiadzie w 1992 r., co uniemożliwiło mu start na igrzyskach w Lillehammer w 1994 r.) zepchnęły go na drugi plan, aż w 1995 roku stracił miejsce w drużynie narodowej. Kiedy w końcu lat 90. udało mu się do niej wrócić, gwiazdą był już Hermann Maier, a on zawsze pozostawał drugi.
Po wypadku "Herminatora" w 2001 roku Eberharter został liderem austriackiego zespołu. Na igrzyskach w Salt Lake City był trzeci w zjeździe, drugi w supergigancie i pierwszy w slalomie gigancie, zostając w wieku 33 lat najstarszym złotym medalistą w narciarstwie alpejskim. Po igrzyskach Eberharter odnosił kolejne sukcesy - zdobył małe Kryształowe Kule w supergigancie i zjeździe, a pierwsze miejsce w klasyfikacji generalnej Pucharu Świata zapewnił sobie już na tydzień przed zakończeniem rywalizacji. To, że wczoraj wśród pokonanych znalazł się również Hermann Maier, oznacza, że mimo triumfalnego powrotu "Herminatora" Eberharter nie ma zamiaru znów znaleźć się w jego cieniu.