Spór pomiędzy Hoenessem i Rummenigge narasta od przegranego dwumeczu z Liverpoolem w Lidze Mistrzów. Hoeness, prezes całego Bayernu Monachium, jest zwolennikiem chorwackiego szkoleniowca, natomiast Rummenigge, prezes zarządu Bayern AG, czyli piłkarskiej części klubu, nie do końca wierzy w jego umiejętności. Mimo wsparcia dla Niko Kovaca pierwszy ze wspomnianej dwójki zwołał niedawno spotkanie z liderami zespołu, m.in. Manuelem Neuerem, Franckiem Riberym i Robertem Lewandowskim, których zaprosił do swojego domu w Tegernsee. Z tymi, a także kilkoma innymi zawodnikami prezes mistrzów Niemiec rozmawiał na temat pracy Kovaca. Piłkarze, zdaniem "SportBild", mieli poinformować przełożonego, ze trener zbytnio koncentruje na grze defensywnej, zapominając o ataku. Jednocześnie przyznali, że słabszy sezon i odpadnięcie z Ligi Mistrzów to w dużej mierze także ich wina.
Niemieccy dziennikarze informują, że Hoeness chce pozostawić Kovaca na stanowisku przede wszystkim dlatego, by nie powtórzyć błędu z 1991 roku, kiedy zbyt szybko zdecydował się na zwolnienie Juppa Heynckesa. Po latach przyznał, że był to jeden z jego największych błędów w karierze. Podobnego uniknął w 2012 roku, kiedy Karl-Heinz Rummenigge naciskał na zwolnienie Heynckesa po fatalnym sezonie Bayernu: bez tytułów, z finałem Ligi Mistrzów przegranym na własnym stadionie. Hoeness wytrzymał presję i nie zmienił szkoleniowca, a Bayern w kolejnym sezonie zdobył potrójną koronę.
Mimo pełnego poparcia prezesa posada Kovaca wciąż jest bardzo niepewna. Rummenigge mówił w ostatnią niedzielę w programie telewizji Sky, że trener Bayernu musi się zawsze uwiarygodnić wynikami, dlatego decyzję o pozostaniu Kovaca uzależniona jest od tego jak drużyna zakończy sezon. Był też zdania, że jesienne kłopoty Bayernu: tracenie punktów w lidze, tarcia w zespole, wywołał sam Kovac, przesadzając z rotacjami. Rummenigge i Hoeness różnili się już w ocenie Carlo Ancelottiego: ten pierwszy był zwolennikiem zatrudnienia Włocha, ten drugi patrzył na to sceptycznie. Rummenigge jeszcze przed sezonem chciał podpisać kontrakt z Thomasem Tuchelem, ale wówczas Hoeness - zdaniem weltfussball.de - umyślnie przeciągał rozmowy, co w konsekwencji zablokowało możliwość porozumienia, a Tuchel ostatecznie podpisał kontrakt z Paris Saint-Germain. Kovac miał być kandydatem kompromisowym, ale raczej z polecenia Hoenessa. I dlatego Rummenigge jest wobec niego dużo bardziej krytyczny. On mówi, że decydować będą wyniki, a Hoeness kontruje, że nawet brak mistrzostwa nie byłby katastrofą, bo ważne jest przede wszystkim mądre przebudowanie Bayernu na najbliższe lata.
Niezależnie od końcowego wyniku (Bayern jest w tej chwili pierwszy w tabeli Bundesligi, mając punkt przewagi nad goniącą go Borussią Dortmund), władze Bawarczyków decyzję o przyszłości Kovaca podejmą po zakończeniu sezonu.