Tomasz Zajączkowski był wychowankiem Śląska Wrocław i wyróżniał się wśród rówieśników, gdzie wiódł prym na Dolnym Śląsku wraz z drużyną z rocznika 1995. Utalentowany bramkarz zdobył ze Śląskiem brązowy medal w rozgrywkach Młodej Ekstraklasy. "Zajączkowski był jednym z najbardziej utalentowanych golkiperów WKS-u, jaki pojawił się od utworzenia Akademii Śląska. Niestety, z wielu powodów nie zrobił kariery, do której był predestynowany" - pisze portal slasknet.com.
Śląsk Wrocław poinformował w oficjalnym komunikacie na stronie internetowej o śmierci Tomasza Zajączkowskiego w wieku 27 lat. Były bramkarz zmarł 3 listopada. "Ceremonia pogrzebowa rozpocznie się w czwartek, 10 listopada, o godz. 10:00 w kościele na Jerzmanowie. Pogrzeb odbędzie się na Cmentarzu Jerzmanowskim o godz. 11:00. Składamy kondolencje rodzinie Tomasza. Cześć jego pamięci" - napisał klub.
Trener Orest Lenczyk zabrał Tomasza Zajączkowskiego na zgrupowanie pierwszej drużyny Śląska Wrocław przed sezonem 2012/2013 (w poprzednim sezonie Śląsk został mistrzem Polski, wyprzedzając o punkt Ruch Chorzów i mając trzy punkty przewagi nad Legią Warszawa). Ostatecznie Zajączkowski odszedł ze Śląska na przełomie 2012 i 2013 roku, dołączając do Formacji Port 2000 Mostki na zasadzie wypożyczenia - wtedy ten zespół grał w trzeciej lidze.
Po tym wypożyczeniu Tomasz Zajączkowski zakotwiczył na dobre na niższych poziomach rozgrywkowych w Polsce, a w sezonie 2019/2020 podjął decyzję o zakończeniu kariery.