Alexander Manninger był wychowankiem klubu Red Bull Salzburg (wcześniej znanym pod nazwą Austria Salzburg), w sezonie 1995/1996 przebywał na wypożyczeniu w pierwszoligowym SK Vorwarts Steyr. W I lidze zadebiutował meczem z Grazer AK i później przeszedł właśnie do tego zespołu. Jego kariera nabrała na tyle dużego tempa, że dzień przed 20. urodzinami podpisał kontrakt z Arsenalem, gdzie został zmiennikiem Davida Seamana. Mógł się przy tym pochwalić tym, że jako pierwszy Austriak trafił do Premier League.
Manninger występował w Arsenalu przez cztery lata, po czym przez dekadę grał we Włoszech z małą przerwą na wypożyczenie do Red Bull Salzburg. Na Półwyspie Apenińskim był graczem takich klubów jak: Fiorentina, Torino, Bologna, Siena, Udinese, Juventus.
W latach 2012-2016 bronił barw Augsburga, po czym na sezon 2016/17 przeniósł się do Liverpoolu. To właśnie w ekipie "The Reds" zakończył karierę. Miało to miejsce niedługo przed 40. urodzinami.
W czwartek (16 kwietnia) ok. godz. 8:40 doszło do wypadku. Pociąg uderzył w samochód prowadzony przez Manningera na niestrzeżonym przejeździe kolejowym. Były bramkarz zmarł, a pasażerowie pociągu nie doznali żadnych obrażeń.
"Opłakujemy stratę naszego byłego zawodnika, który tragicznie zginął w wypadku samochodowym. Łączymy się w bólu z jego rodziną i przyjaciółmi. Spoczywaj w pokoju, Alexander" - czytamy we wpisie klubu Red Bull Salzburg na platformie X.
Manninger rozegrał 33 mecze w reprezentacji Austrii. Najlepszy okres w kadrze miał w latach 2006-2009, gdzie przez większość czasu był pierwszym wyborem na bramkę.
Musiał jednak zadowolić się rolą rezerwowego bramkarza podczas mistrzostw Europy 2008 rozgrywanych we własnym kraju.