Jacek Magiera objął stery w Legii 24 września 2016 roku. W tym samym sezonie prowadzona przez niego drużyna jako pierwszy polski zespół w XXI wieku awansowała do fazy grupowej Ligi Mistrzów. Pamiętne boje z Realem Madryt (3:3 w Warszawie przy pustych trybunach) oraz Borussią w Dortmundzie (hokejowy wynik 8:4) na długo zapisały się w pamięci wielu kibiców w Polsce. Ten etap rozgrywek udało mu się ukończyć na trzecim miejscu, za plecami wspomnianych europejskich marek. Ten sezon został zwieńczony przez "Wojskowych" mistrzostwem Polski - pierwszym w karierze trenerskiej Magiery.
Przygoda szkoleniowca przy Łazienkowskiej nie potrwała jednak zbyt długo. Po nieudanych eliminacjach do Ligi Mistrzów oraz braku awansu do rozgrywek Ligi Europy po porażce w dwumeczu z mołdawskim Sheriffem Tyraspol, 13 września 2017 roku Jacek Magiera został zwolniony z funkcji trenera Legionistów. Po latach w rozmowie z portalem "Meczyki.pl" uchylił rąbka tajemnicy w sprawie kulisów zwolnienia. - Odszedłem z Legii w 2017 roku ze średnią punktów w Ekstraklasie 2,17 punktu na mecz. Powiedziano mi wtedy, że to za mało. Niech to będzie mój komentarz. Graliśmy wtedy z Realem, Sportingiem, Borussią - przyznał 49-latek.
Zobacz też: Fatalne wieści ws. Sochana. Wydawało się, że gorzej być nie może
Magiera został poproszony o komentarz w sprawie swojego byłego pracodawcy w związku z zatrudnieniem w stolicy Marka Papszuna, który odszedł z Rakowa, by móc spełnić swoje marzenie, jakim była posada pierwszego trenera przy Łazienkowskiej. Przed 51-latkiem trudna runda wiosenna. Legia zajmuje w tabeli przedostatnie miejsce, znajdując się tym samym w strefie spadkowej. Dodatkowo atmosfera w szatni była końcem ubiegłego roku, delikatnie rzecz ujmując - niezbyt dobra.
W kwestii wspomnianej atmosfery swój komentarz uzupełnił były opiekun stołecznego klubu, wskazując jednocześnie, kto ponosi winę za obecny kryzys w drużynie. Według niego to Dariusz Mioduski. - Od dziesięciu lat jest właściciel klubu, który decyduje o tym, kto tam pracuje. Jak to wygląda przez ten czas, niech każdy sobie odpowie - zakończył.
Legia Warszawa rozgrywki ligowe wznowi 1 lutego. W swoim pierwszym spotkaniu w Ekstraklasie na ławce trenerskiej Legii, Marek Papszun poprowadzi zespół przeciwko Koronie Kielce. Początek meczu o godzinie 17:30.