Zbigniew Boniek po zakończeniu kariery piłkarskiej próbował odnaleźć się w futbolu w kilku rolach. W latach 90. rozpoczął swoją karierę trenerską od pracy w Lecce. Potem było Bari, Sambenedettese, a na koniec Avellino. Nigdzie nie osiągnął oczekiwanych sukcesów, więc w 1999 roku został wiceprezesem Polskiego Związku Piłki Nożnej. Po mundialu w 2002 roku został selekcjonerem reprezentacji Polski, ale zrezygnował już po pięciu meczach.
80-krotny reprezentant Polski do krajowego futbolu wrócił w 2012 roku, zostając prezesem PZPN-u. Pełnił tę funkcję przez dziewięć lat, całkowicie odmieniając wizerunek związku. Wpływ miały na to również dobre wyniki osiągane przez drużynę narodową - najpierw za kadencji Adama Nawałki, który dotarł do ćwierćfinału mistrzostw Europy, a potem Jerzego Brzęczka, który wygrał grupę eliminacyjną do Euro, choć już wtedy wizerunek wokół kadry zaczynał się psuć. Odszedł w 2021 roku, gdyż prezesi związków sportowych nie mogą pełnić więcej niż dwóch kadencji z rzędu. Zastąpił go Cezary Kulesza.
W niedzielnym programie "Pogadajmy o piłce" na kanale Meczyki.pl Zbigniew Boniek został zapytany o ewentualny powrót na stanowisko prezesa Polskiego Związku Piłki Nożnej. - Na dzisiaj absolutnie nie myślę o powrocie na stołek prezesa. Robię sto tysięcy innych rzeczy poza piłką. Mam też jakieś ambicje i zastanawiam się nad pracą przy jakimś klubie. Nie myślę więc na dziś o funkcji prezesa PZPN-u. Niech Czarkowi wiedzie się jak najlepiej - stwierdził Zbigniew Boniek.
- Sprawa jest bardzo prosta. Jeśli chciałbym funkcjonować w polskiej piłce, to mógłbym to robić tylko w dwóch klubach - w Widzewie Łódź i Zawiszy Bydgoszcz. Ale mówię - mógłbym. Jeszcze wielką miłością darzę Polonię Bydgoszcz, w której grał mój ojciec, ale tam - wydaje mi się - piłka jest na dalszym torze - podsumował.
Jakiś czas później Boniek doprecyzował swoją myśl na Twitterze. "Nie myślę o żadnej pracy w żadnym klubie. Tak tylko w celu wyjaśnienia. Natomiast nie wykluczam być współwłaścicielem a to już zupełnie co innego. Na razie spokojnie" - napisał.
Zbigniew Boniek jest wychowankiem Zawiszy Bydgoszcz, z której w 1975 roku trafił do Widzewa. W barwach łódzkiego klubu rozegrał 172 mecze. Po mundialu w 1982 roku podpisał kontrakt z Juventusem. Następnie przeniósł się do AS Romy, gdzie zakończył karierę. Od 2021 jest wiceprezesem UEFA.