Saganowski pracował w Legii od kwietnia 2019 roku, gdy został asystentem Aleksandara Vukovicia. Po jego odejściu pracował jeszcze z warszawską drużyną na początku kadencji Czesława Michniewicza, ale sugerował, że będzie chciał zmienić klub.
Czesław Michniewicz został z dwoma asystentami: Kamilem Potrykusem oraz Przemysławem Małeckim. Jak dodawał portal Legia.net: "ostatni raz Saganowski pojawił się na meczu Legii II z Sokołem Aleksandrów Łódzki. Od tego momentu nie było go już ani razu na zajęciach. Rozmawiał z władzami Legii na temat przyszłości i warunków rozstania, był też na rozmowach o pracę w Motorze Lublin, gdzie nie brakuje obecnie ludzi w przeszłości związanych z Łazienkowską".
Teraz potwierdzeniem jego odejścia do Motoru Lublin jest wpis dobrze zorientowanego w polskich transferach użytkownika Janekx89. - Marek Saganowski nowym trenerem drugoligowego Motoru Lublin. Zastąpi pożegnanego po zakończeniu przeciętnej rundy jesiennej Mirosława Hajdo - napisał.
Saganowski wraz z Legią został mistrzem Polski w 2020 roku, a wcześniej prowadził zespół U19 i pomagał w trenowaniu rezerw warszawian. Jako piłkarz poza Legią grał także w Troyes, Atromitosie Ateny, Southampton, Feyenoordzie czy ŁKS-ie. Motor Lublin jest na dziesiątym miejscu w tabeli II ligi z dorobkiem 22 punktów.