Emil Juna rozpoczynał karierę w Rumunii. W krajowej lidze występował w barwach FC Universitatea Cluj. W lipcu 2008 roku za niespełna milion euro trafił do Energie Cottbus, gdzie rozegrał 27 meczów w lidze niemieckiej. Napastnik zdobył cztery bramki i zaliczył dwie asysty. W trakcie kariery grał także w cypryjskim Anorthosisie Famagusta. W ostatnich latach kariery grał w niemieckiej lidze okręgowej, reprezentował barwy m.in. TuS Bersenbrueck. Później został trenerem.
W sobotę niemieckie media poinformowały, że Juna miał na zawał serca. 40-latek zmarł we śnie.
