Sebastian Małkowski zadebiutował w reprezentacji Polski w 2011 roku. Swoje pierwsze i jednocześnie ostatnie spotkanie rozegrał przeciwko Litwie. Zespół prowadzony przez ówczesnego selekcjonera Franciszka Smudę niespodziewanie przegrał 0:2. W rozmowie z "Przeglądem Sportowym" były bramkarz opowiedział o swoich problemach życiowych.
- Wyjechałem, bo wpakowałem się w niemiłe towarzystwo. Zapętliłem się. Musiałem się od tego odciąć i poukładać wszystko na nowo. W Anglii mamy spokojniejsze życie. Jestem na etapie naprawiania swoich błędów. Krok po kroku wychodzę z długów. Prowadzę notes, z którego wykreślam kolejne zobowiązania. Znalazłem się na zakręcie, wybrałem złą drogę - powiedział Sebastian Małkowski.
W trakcie swojej kariery Sebastian Małkowski grał dla takich klubów, jak Lechia Gdańsk, Bytovia Bytów czy Zawisza Bydgoszcz. W Ekstraklasie rozegrał 36 spotkań, po czym wyjechał do Anglii, aby spłacić wspomniane długi. W rozmowie z "Przeglądem Sportowym" wspominał także swoje jedyne spotkanie w barwach reprezentacji Polski.
- Gdybym miał wehikuł czasu, to bym z niego skorzystał i rozegrał to spotkanie raz jeszcze. Teraz się zastanawiam, czy może powołanie nie przyszło zbyt szybko. Ten mecz mnie wyhamował, zgubiłem pewność siebie - opowiedział 33-letni bramkarz - W momencie, gdy stałem już w bluzie na boisku, zaśpiewaliśmy hymn, poczułem, jakby trzęsły mi się łydki. Zanim minął mi stres, wpuściłem już dwie bramki. Byłem na siebie zły. A właściwie do dzisiaj jestem. To były łatwe piłki do obrony. Nie chcę się usprawiedliwiać kiepskim stanem boiska albo tym, że ktoś mnie zasłonił. Jeśli ktoś chce się pokazać, to takie strzały musi łapać - dodał Małkowski.
Po przeprowadzce do Anglii zawodnik podpisywał kontrakty z różnymi lokalnymi klubami. W sierpniu 2015 roku zadebiutował w 7. lidze angielskiej. Jak sam przyznaje, że chciałby wrócić do kraju. - Wiem, że gdybym miał szansę gry w Polsce, to bym ją wykorzystał. Zresztą nie ukrywam, że rozmawiam z trzema klubami. Jeden jest nawet z I ligi. Pandemia nieco krzyżuje plany, ale mam nadzieję, że niedługo wrócimy do Polski - zakończył.