Subotić od wielu lat zmagał się z urazami, które hamowały dobrze rozwijającą się karierę stopera. Nie mniej, szczególnie na początku kadencji Juergena Kloppa należał do najważniejszych zawodników Borussii, w barwach której dwukrotnie sięgnął po mistrzostwo kraju, raz po puchar Niemiec, a także doszedł do finału Ligi Mistrzów w 2013 roku. Tworzył zgrany duet środkowych obrońców z Matsem Hummelsem.
Od 2008 roku Subotić rozegrał w żółto-czarnych barwach 220 ligowe spotkania, w których zdobył 20 bramek.
Piłkarzem zespołu z Kolonii jest reprezentant Polski - Paweł Olkowski.