Od ligowego debiutu Meksykanina w zespole z Camp Nou minęło prawie siedem lat - Marquez pierwszy mecz w granatowo-bordowej koszulce rozegrał trzeciego września 2003. Od tego czasu miał udział w zdobyciu każdego trofeum za kadencji Franka Rijkaarda i Josepa Guardioli.
Karierę Marqueza w Barcelonie przeplatały sukcesy i kontuzje. Pierwszego sezonu nie mógł zaliczyć do udanych właśnie ze względu na urazy. Sytuacja odmieniła się rok później - kontuzjowani byli jego rywale do
gry na pozycji defensywnego pomocnika Thiago Motta i Edmilson i dzięki temu rozegrał 34 mecze ligowe.
Sezon 2005/2006 to znów problemy ze zdrowiem, mimo to Meksykanin zagrał w zwycięskim dla jego drużyny finale
Ligi Mistrzów i "ustrzelił" dublet.
Po przyjściu do klubu i pozbyciu się wypalonych gwiazd, takich jak Deco czy Ronaldinho, Pep Guardiola zrobił z Marqueza jedną z kluczowych postaci w drużynie. Meksykanin kolejny raz miał jednak pecha - w kwietniowym półfinale Ligi Mistrzów złapał kontuzję i nie mógł wystąpić w rzymskim finale.
Ostatni sezon to już sporadyczne występy - Marquez głównie przesiadywał na ławce, a jeśli grał, to właśnie z niej wchodząc.
Meksykanin przez te siedem sezonów rozegrał 242 mecze w barwach
Barcelony, dzięki czemu plasuje się na ósmym miejscu w rankingu obcokrajowców z największą ilością występów w barwach Dumy Katalonii. Marquez zdobył także 13 bramek, większość z nich strzałami głową lub jego firmowymi potężnymi uderzeniami z rzutów wolnych.