Mueller to wychowanek akademii monachijskiego klubu, w 2008 roku zadebiutował w pierwszym zespole i z czasem stał się jednym z kluczowych zawodników drużyny.
- Thomas Mueller został tu wyszkolony i stał się bardzo ważnym zawodnikiem dla Bayernu - powiedział po podpisaniu kontraktu Karl-Heinz Rummenigge, prezes i legenda klubu. - Przedłużenie przez niego umowy pokazuje, jak bardzo jest z nami związany.
Uniwersalny atakujący jest w tym sezonie w doskonałej formie - we wszystkich rozgrywkach w 25 meczach zdobył 13 bramek i zaliczył 10 asyst.