Novotna to zwyciężczyni Wimbledonu z 1998 roku. Czeska tenisistka pokonała w finale Nathalie Tauziat , reprezentantkę Francji 6-4, 7-6. To jej największy, sportowy sukces. W rankingu WTA, w najlepszym momencie swojej kariery, zajmowała drugie miejsce.
Karierę zakończyła w 1999 roku. Wygrała 24 turnieje WTA w singlu i 76 w deblu. 16-krotnie triumfowała w imprezach wielkoszlemowych. W barwach Czechosłowacji zdobyła srebro olimpijskie w Seulu (1988) razem z Heleną Sukovą w deblu. Później wywalczyła dwa medale dla reprezentacji Czech - srebrny w deblu i brązowy w singlu.
W 2005 roku została uhonorowana miejscem w Galerii Sław Tenisa. Zmarła w niedzielę, po długiej walce z rakiem. Miała 49 lat.