Urodził się w Białymstoku 16 sierpnia 1974 r. Wychowywał się w Jagiellonii pod okiem trenera Ryszarda Karalusa m.in. razem z Markiem Citko, Danielem Boguszem, Mariuszem Piekarskim, Jackiem Chańko i Bartoszem Jurkowskim.

Zadebiutował w ekstraklasie w barwach Jagiellonii 29 sierpnia 1992 r. Rozegrał w sezonie 1992/3 dziewięć spotkań, strzelił jednego gola. Białostocki klub chylił się ku upadkowi, wyprzedawano piłkarzy.

Frankowski trafił do Francji. W Strasbourgu początki miał obiecujące, ale kiedy przebił się do pierwszej drużyny, doznał kontuzji. W 1996 r. został ściągnięty do Japonii przez Arsene'a Wengera, ale szybko wrócił do Francji - grał w Poitiers (III liga) i Martigues (II liga).

Od sezonu 1998/99 występował znowu w Polsce - z Wisłą Kraków zdominował naszą ekstraklasę. W 2005 r. po kolejnej przegranej batalii o awans do Ligi Mistrzów postanowił znowu opuścić kraj.

Był w II-ligowych klubach - hiszpańskich Elche i Tenerifie, angielskim Wolverhampton. Początek miał tam niezły, ale nie podbił Zachodu, m.in. przeszkadzały mu kontuzje. Po półrocznym niebycie piłkarskim trafił w lutym 2008 r. do Chicago Fire, gdzie po niezłym początku znowu wypadł z gry. W końcu wrócił do kraju i postanowił pomóc klubowi z rodzinnego Białegostoku. W grudniu 2008 r. podpisał kontrakt, który ważny jest jeszcze do czerwca 2011 r.

W reprezentacji zadebiutował 28 kwietnia 1999 r. Do 2004 r. był raczej pomijany przez selekcjonerów, choć w Polsce nie miał sobie równych. W końcu pod presją mediów ugiął się Paweł Janas. Franek odwdzięczył się mu siedmioma golami w eliminacjach, które pozwoliły Polakom zagrać w mistrzostwach świata w 2006 r. Nieoczekiwanie Janas nie zabrał go do Niemiec. W sumie Tomasz Frankowski rozegrał w reprezentacji 22 mecze, strzelił 10 goli.