Wisła przegrała po 0:1 z PGE GKS Bełchatów i Arką Gdynia oraz bezbramkowo zremisowała w Białymstoku z Jagiellonią. To najpoważniejszy kryzys Wisły za czasów Skorży, który prowadził zespół w 119 spotkaniach we wszystkich rozgrywkach. Jego bilans to 72 zwycięstwa, 24 remisy i 23 porażki.
Jak wyglądała kariera trenera w drużynie mistrzów Polski?
- Dla mnie Kraków jest magicznym miastem, a Wisła magicznym klubem. Pracę tutaj odbieram jako nobilitację i honor - podkreślał Skorża 13 czerwca 2007 roku na oficjalnej prezentacji w Wiśle. "Jeśli piłkarze pod wodzą Skorży będą choć w połowie tak dobrzy na boisku, jak nowy trener na środowej konferencji, to w cuglach sięgną po mistrzostwo Polski. Błyskotliwy, uśmiechnięty, z nienaganną prezencją, inteligentnie i ze spokojem odpowiadał nawet na najtrudniejsze pytania. Nie peszyły go pioruny za oknem" - pisała "Gazeta Wyborcza".
Wisła - zespół dominującySkorża zapowiadał uniwersalną taktykę, nakłanianie piłkarzy z zagranicy do nauki języka polskiego, a nawet sięganie po psychologa. Jak wyobrażał sobie grę Wisły? - Równowaga między atakiem a obroną. Agresywnie odebrać piłkę już na połowie rywala, jak najszybciej strzelić gola i zabezpieczyć własną bramkę - tłumaczył Skorża.
Pierwszy sezon z Wisłą miał znakomity. Ósmą drużynę poprzednich rozgrywek zamienił w zespół dominujący, który zdobył mistrzostwo z 14-punktową przewagą nad Legią Warszawa. W Ekstraklasie Wisła przegrała tylko jeden mecz - 1:2 w Warszawie, w 27. kolejce. Ta porażka była prestiżowa, w odróżnieniu od trzech innych - Legia pokonała drużynę Skorży w finale Pucharu Polski, wyeliminowała wiślaków w półfinale Pucharu Ekstraklasy, a w lipcu 2008 roku zwyciężyła także w spotkaniu o Superpuchar.
W II rundzie eliminacji Ligi Mistrzów w sezonie 2008/09 Wisła wyeliminowała Beitar Jerozolima (1:2 i 5:0), ale w decydującym o awansie do fazy grupowej dwumeczu z Barceloną szans nie miała - na Camp Nou przegrała 0:4 i rozstrzygnięcie było jasne.
Wisła i pierwsze blamażeU siebie Wisła wywalczyła jednak cenną wygraną 1:0, co odebrano jako prestiżowy sukces drużyny Skorży i zapowiedź dobrych wyników w Pucharze UEFA. Wisła odpadła jednak już w I rundzie tych rozgrywek z przeżywającym gigantyczny kryzys Tottenhamem - na wyjeździe przegrała 1:2, w Krakowie zremisowała 1:1.
Rozgrywki ligowe mistrzowie Polski zaczęli od trzech zwycięstw, ale w 5. kolejce przegrali u siebie z Lechem Poznań aż 1:4. Licząc porażki w Pucharze Ekstraklasy (0:4 ze Śląskiem Wrocław i 0:1 z Piastem Gliwice) była to trzecia przegrana z rzędu. - Od kiedy jestem trenerem, Wisła tak słabego meczu nie zagrała - kręcił głową Skorża. "Klęska z Lechem 1:4 była drugim z rzędu blamażem krakowian, dowodem na złą politykę transferową. [...] W niedzielę wieczorem miny wiślaków przypominały te sprzed dwóch lat, gdy właściciel Bogusław Cupiał zmieniał trenerów jak rękawiczki, drużyna przegrała u siebie z Groclinem 0:4, a rozgrywki skończyła na ósmym miejscu" - pisała "Gazeta".
Dominująca w poprzednim sezonie Wisła straciła blask, ale mistrzostwo wywalczyła. Trzy kolejki przed końcem pokonała u siebie Legię 1:0 i utrzymała trzypunktową przewagę w tabeli. Znów nieudany był jednak start w pucharach - w Pucharze Polski Wisła odpadła w ćwierćfinale z Lechem, a w Pucharze Ekstraklasy nie wyszła nawet z grupy - lepsze były Śląsk i Piast.
Wisła i koszmar LevadiiObecny sezon zaczął się od największej wpadki w wiślackiej karierze Skorży - mistrzowie Polski nie potrafili wyeliminować w II rundzie eliminacji Ligi Mistrzów estońskiej Levadii Tallin. W Sosnowcu było 1:1, na wyjeździe - 0:1. "Kompromitacja mistrza Polski w eliminacjach Ligi Mistrzów. Wisła przegrała w Tallinie 0:1 z Levadią. To raczej koniec kariery trenera Macieja Skorży, jego asystentów i dyrektora Jacka Bednarza w Krakowie" - pisała "Gazeta Wyborcza".
- Wrócicie do Polski na nogach, a nie samolotem - złościł się po meczu Bogusław Cupiał, właściciel Wisły, dziennikarze spekulowali, że Skorżę zastąpi Franciszek Smuda, ale do zmiany jednak nie doszło. Nawet pomimo tego, że trzy dni po rewanżu z Levadią Wisła przegrała po rzutach karnych spotkanie o Superpuchar z Lechem.
Ligę Wisła zaczęła od sześciu zwycięstw z rzędu, ale przyszła też zadyszka i dwie kolejne porażki u siebie z Legią i Cracovią. Po rundzie jesiennej mistrzowie Polski mieli pięć punktów przewagi nad drugą Legią, ale w trzech pierwszych spotkaniach rundy wiosennej zdobyli tylko jeden z dziewięciu możliwych punktów. Tym razem Cupiał nie wytrzymał i praca Skorży w Wiśle dobiegła końca.
Bilans Skorży w Wiśle| rozgrywki | zwycięstwa | remisy | porażki |
| Ekstraklasa | 56 | 14 | 10 |
| Liga Mistrzów | 2 | 1 | 3 |
| Puchar UEFA | 0 | 1 | 1 |
| Puchar Polski | 8 | 2 | 3 |
| Puchar Ekstraklasy | 6 | 6 | 4 |
| Superpuchar | 0 | 0 | 2 |
| SUMA | 72 | 24 | 23 |
