Marzec 2001 r. podczas serii treningowej w Planicy. Z rozpoznaniem uszkodzenia kręgosłupa trafia do szpitala, rehabilitacja trwa wiele tygodni. Rok później w Planicy Kranjec ląduje na 222,5 metrze i bije rekord Słowenii. W lutym 2002 r. wraz zdobywa brązowy medal w konkursie drużynowym podczas igrzysk w Salt Lake City. W ogóle po upadku skacze dużo lepiej niż przedtem. Zajmuje m.in.trzecie miejsce w Lahti. W 2003 r., a na MŚ w Val di Fiemme w 2003 r. jest szósty.
Styczeń 2002 r. w Willingen. Kilka tygodni spędził przykuty do szpitalnego łóżka. Mówił później: - Leżałem, leżałem i w myślach poprawiałem moje skoki. Treningi wznowił tuż przed igrzyskami w Salt Lake City, na których zdobył dwa złote medale. Były to jego pierwsze zawody po upadku. Nigdy wcześniej ani później Ammann nie skakał już tak dobrze.
Listopada 2003 r. w Kuusamo. Upadek wygląda koszmarnie, ale skończyło się na siniakach. Morgenstern szybko wznawia treningi, w swoim pierwszym starcie po upadku - skokiem na 140 m - wygrał kwalifikacje do konkursu Turnieju Czterech Skoczni w Oberstdorfie. Następnego dnia, 29 grudnia - dokładnie miesiąc po upadku - zajmuje drugie miejsce w konkursie w Oberstdorfie. Niedawno wywalczył srebrny medal MŚ juniorów.