29-letni Subotić zdobył z BVB dwa mistrzostwa Niemiec oraz puchar kraju. Do Dortmundu trafił w 2008 roku z Mainz, przeszedł razem z Juergenem Kloppem.
Subotić w ostatnich latach miał problemy zdrowotne po zerwaniu więzadeł krzyżowych w 2013 roku. Od początku sezonu 2014/15 rozegrał tylko 50 spotkań w barwach BVB oraz Koeln (był wypożyczony na drugą część sezonu 2016/17). Serb był uwielbiany przez fanów BVB za swoją postawę na boisku oraz wobec fanów. Angażuje się również w działania charytatywne w Afryce.