Klafurić przez trzy lata prowadził chorwacką reprezentację kobiet, potem zespoły męskie z trzeciej i drugiej ligi chorwackiej, aż w maju 2018 roku został trenerem Legii Warszawa. Klafurić zastąpił wówczas zwolnionego Romeo Jozaka, którego wcześniej był asystentem.
Pod jego wodzą Legia wygrała mistrzostwo Polski oraz zdobyła puchar kraju. Klafurić początkowo uważany był jedynie za tymczasowego trenera, który ma dokończyć sezon, ale dano mu również szansę w eliminacjach do europejskich pucharów. W stołecznym klubie po cichu liczono, że Klafurić podoła wyzwaniu. Ale nie podołał. Pod jego wodzą Legia pożegnała się z Ligi Mistrzów, odpadła z niej już w II rundzie eliminacji po katastrofalnym dwumeczu ze Spartakiem Trnawa (0:2 u siebie, 1:0 na wyjeździe), więc Chorwat został zwolniony.
Teraz Klarufić został trenerem NK Hrvatski Dragovoljac, chorwackiego drugoligowca.