Na Konwiktorskiej od stycznia 2006 do kwietnia tego samego roku. W międzyczasie Czarne Koszule zmieniły właściciela. Tym został właśnie Józef Wojciechowski. W trakcie niespełna pięciu miesięcy pracy w nowych realiach Polonia pod wodzą Żurka rozegrała 9 meczów ligowych. Statystyki nie przemawiały na korzyść trenera - stołeczna drużna wygrała dwa mecze, tyle samo zremisowała i zaliczyła pięć porażek. Cierpliwość nowego szefostwa skończyła się pod koniec kwietnia 2006.
Stanowisko Żurka przejął pod koniec kwietnia 2006 roku Andrzej Wiśniewski. To on - w roli asystenta Dariusza Wdowczyka - był współtwórcą sukcesu mistrzowskiej Polonii z 2000 roku. W roli samodzielnego trenera ekipy z Konwiktorskiej występował przez cztery miesiące. W tym czasie poprowadził drużynę w 7 meczach. Bilans 2 wygrane, 2 remisy, 3 porażki. Efektem słabych wyników pracy Wiśniewskiego oraz poprzedników był spadek Polonii do II ligi.
Na zapleczu ekstraklasy pracował z Polonią w 11 spotkaniach. Bilans nie był imponujący 2 - 4 - 5 dlatego syn byłego selekcjonera w październiku 2006 pożegnał się z ławką trenerską klubu ze stolicy.
Na Konwiktorskiej pracował przez rok (październik 2006 - październik 2007). Bilans ligowy: 36 meczów - 20 - 6 - 10 (plus jeden walkower). Do ekstraklasy z Polonią wrócić mu się nie udało. Właściwie nie udało się to żadnemu trenerowi. Rok później Czarne Koszule wróciły do najwyższej klasy rozgrywkowej dzięki pieniądzom Józefa Wojciechowskiego. Fuzja z Groclinem dała ekipie z Warszawy miejsce w ekstraklasie.
Autor ostatniego mistrzostwa dla Czarnych Koszul (2000 r.). Na Konwiktorską wrócił po przygodzie z Legią i krótkim ''dyrektorskim'' epizodzie w Szkocji (FC Livingstone). Tym razem sukcesu nie było, a z warszawskim klubem pożegnał się po sześciu meczach (3 - 2 - 1). W dalszej pracy przeszkodziły mu organy ścigania. Wdowczyk został zatrzymany w sprawie korupcji w polskiej piłce (do czego później się zresztą przyznał).
Dariusza W. na chwilę zastąpił asystent Tomasz Strejlau. Kolejny syn bardziej znanego ojca (byłego trenera kadry narodowej Andrzeja) nie napracował się w Polonii. Zaliczył dwa mecze - remis oraz porażkę i w kwietniu 2008 roku jego trenerska przygoda pod adresem Konwiktorska 6 zakończyła się.
Jego drugoligowy bilans 3 - 1 - 5 spowodował, że nie zagrzał miejsca na ławce Polonii i wyprowadził się z niej po trzech miesiącach (połowa kwietnia 2008 - lipiec 2008).
Świetny sezon w Groclinie uwieńczony awansem do europejskich pucharów zakończył... w Warszawie. To efekt fuzji z Polonią. Z europejskimi rozgrywkami pożegnał się jeszcze jesienią, z klubem z Warszawy dopiero wiosną 2009 roku. Ligowy bilans na zakończenie - 10 - 6 - 4.
Trenerski obieżyświat. W Polsce łatwiej wymienić kluby w których nie pracował, niż te w których był zatrudniony. Z Polonią pracował w czterech meczach ligowych, ale mimo dobrych statystyk (bilans 3 - 1 - 0) Józef Wojciechowski w atmosferze skandalu zwolnił go z posady. Teraz po tej sprawie nie ma już śladu o czym świadczy choćby fakt, że ''Bobo'' będzie asystentem nowego trenera Polonii Theo Bosa.
W Polonii rzucony na głęboką wodę. Zanim z przymusu zaczął pracę z Czarnymi Koszulami mógł się poszczycić pochwalić prowadzeniem drużyn z niższych lig. W Polonii od początku w roli trenera ''na chwilę''. Ta trwała od kwietnia do sierpnia 2009. Wyrażana meczami w lidze - 9 spotkań. W tych Grembocki zaliczył cztery wygrane, dwa remisy i trzy porażki. Aż znaleziono jego następcę ''z nazwiskiem''.
Człowiekiem z ''nazwiskiem'' okazał się być Dusan Radolsky. Słowak po raz trzeci polski jednak nie podbił (udało mu się w Pucharze UEFA z Groclinem w 2004 roku i na krajowym podwórku z Ruchem Chorzów w 2008 roku). Polonia Radolsky'ego prezentowała się fatalnie - cierpliwość Wojciechowskiego skończyła się po sześciu ligowych porażkach (poza tym zespół pod wodzą Słowaka zaliczył jedną wygraną i jeden remis).
Kolejny trener ''na jedną chwilę'', a raczej na jeden mecz. Po zwolnieniu Radolsky'ego poprowadził Polonię w meczu z Cracovią, który przegrał. W tym czasie trwały już intensywne poszukiwania speca z zagranicy. Lista była długa.
Wojciechowski wybrał kierunek południowy. Postawił na byłego gwiazdora Barcelony - trenera bez sukcesów, czyli Jose Marię Bakero. Sukcesów zabrakło także w Warszawie. Ligowy bilans Hiszpana z Polonią - 9 - 6 - 7 nie był tym czego oczekiwał prezes. Efektem wypowiedzi Wojciechowskiego pod adresem Bakero w stylu "Nie chcę z Tobą rozmawiać" (najlepsze cytaty z prezesa Wojciechowskiego). Hiszpan rozstał się z Polonią w październiku 2010 roku.
Ojciec ubiegłorocznego sukcesu Widzewa Łódź, czyli awansu do ekstraklasy w kolejnym sezonie cieszył się z niego już w Warszawie. Najpierw w Polonii został dyrektorem sportowym a po zwolnieniu Bakero został trenerem Czarnych Koszul. Rozczarował - w 10 meczach jego podopieczni byli górą tylko dwa razy, zaliczyli aż cztery remisy i tyle samo porażek. Po dymisji wraca na poprzednie stanowisko.
Prezes Wojciechowski szukał następcy Janasa za granicą. Mówiło się o Ralfie Rangnicku, Dragomirze Okuce, Leo Beenhakkerze i Erwinie Koemanie. Ostatecznie na Konwiktorską trafił były szkoleniowiec FC Den Bosch i Vitesse Arnhem Theo Bos. To już 15 trener pracujący z Czarnymi Koszulami za czasów rządów Józefa Wojciechowskiego. 15 i znając temperament prezesa raczej nie ostatni.