Z tego szwajcarskiego klubu 27-letni wychowanek Lechii Gdańsk został sprowadzony przez Ottmara Hitzfelda do Monachium. Obie strony nie ujawniły finansowych szczegółów transferu.
Wojciechowski został zawodnikiem Bayernu w styczniu 2000 roku. Bawarczycy zapłacili za niego 1,4 miliona marek. W ostatnim sezonie Wojciechowski na boiskach Bundesligi przebywał zaledwie przez kilka minut. Przez większą część rozgrywek leczył kontuzję.
Polak ma w dorobku dwa tytułu mistrza Niemiec. Bayern wygrał również ostatnią edycję Ligi Mistrzów, ale Wojciechowski w tych rozgrywkach ani razu nie pojawił się boisku.